l toponimo Cottanello deriva da un'importante ramo della gens Aurelia, gli Aurelii Cottae, nobilta' plebea che sembra discendere dal re Numa Pompilio e che servì Roma con personaggi di spicco nella vita politica e militare dal III secolo a.C. al I d.C.
I Romani, dopo la conquista della Sabina, ne suddivisero il territorio in villae, fondi agricoli in cui vennero nel tempo costruiti complessi abitativi anche di grande pregio, come dimostra il loro ritrovamento in epoca moderna.
La villa riportata alla luce da scavi effettuati a cavallo degli anni 70 nella zona Collesecco di Cottanello conferma la proprietà della famiglia Cotta nel I secolo d.C.
Mosaici e fregi importanti testimoniano che il periodo di maggior splendore fu quello imperiale.
In questo periodo Cottanello faceva parte dell'ager Foronovarum il cui centro amministrativo e commerciale era Forum Novum, l'attuale Vescovio.
Le invasioni barbariche da un lato e l'istituzione delle diocesi cristiane segnarono la fine di Forum Novum che si trasformò nel territorio dell'Abbazia di Farfa.
La Sabina fu invasa dai Longobardi di Alboino che tra il 570 ed il 900 d. C. distrussero ben due volte l'Abbazia di Farfa. E' in questo periodo che i sabini si arroccarono sulla cima delle alture forificandosi e che, insieme ad altri Castelli della Sabina, sorse Cottanello.
Le prime notizie documentate del vocabolo di Cottanello risalgono al 1027, quando la longobarda Susanna, figlia di Landolfo e di Taxia e moglie di Attone conte sabino, ne fece dono al Monastero di Farfa 'per la remissione dei peccati'.
Nel 1192 è menzionato da Cencio Camerario che il piccolo centro versava alla Chiesa di Roma un censo annuo di sei libbre di provisini.
Intorno al 1217 S. Francesco arriva nella valle di Rieti (oggi chiamata Valle Santa) e passando per Cottanello compie il miracolo di ammansire i branchi di lupi che infestavano la zona e di porre fine alle grandini che rovinavano i raccolti.
In questo periodo dimora nell'eremo di S. Cataldo per poi stabilirsi in una capanna del monte Lacerone e quindi scendere a Greccio dove creera' il primo presepe vivente.
Nel frattempo il paese conobbe la tirannia del "Vir Sanguimun" Raullo detto Surdus, dalla quale fu liberata nel 1263 grazie all’intervento del papa Urbano IV (1261 — 1264), che ordinò al Signore Giovannio Caetano Orsini di occupare il castello e la torre di Cottanello.
Nel 1283 gli abitanti di Cottanello affidarono al condottiero Orso, della signoria degli Orsini, il dominio perpetuo del castello.
Gli Orsini, una delle famiglie piu' illustri della nobilta' di tutti i tempi, intervenirono nella fortificazione del paese che ebbe ben tre mura di cinta, la piu' interna che ancora circonda la rocca mentre le altre sono a tratti ancora visibili piu' a valle.
Gli Orsini non vivevano nel castello ma avevano un Podesta' che li rappresentava.
Il dominio degli Orsini duro' nei secoli anche se con alterne vicende.
Importantissimo fu il ruolo svolto dal castello intorno alla metà del XV secolo nella guerra tra Narni e Rieti per il dominio di Montecalvo e della sua rocca, di grande rilevanza strategica. La pace fu raggiunta soltanto nel 1498.
La Porta del Regno, che ancora oggi accoglie chi entra nella rocca, fu ricostruita nel 1572, come dimostra la data incisa sull'architrave, dopo che spagnoli e lanzichenecchi tentarono, senza peraltro riuscirci, di impossessarsi del castello.
Esso era noto sin dal I sec. a.C. sebbene il suo impiego fosse limitato a opere di pavimentazione per le sue spiccate proprietà di compattezza e resistenza e se ne facesse largo uso in prossimita' della localita' di estrazione, come mostrano i ritrovamenti della villa romana dei Cotta.Nell'eta' barocca assume particolare rinomanza il marmo di Cottanello, detto anche pietra persichina, estratto nelle cave del monte Lacerone che sovrasta il paese.
Rosso, con venature bianche e grigie, questa pietra conobbe un impulso straordinario al di fuori dei confini locali tra la fine del 1640 e il 1690.
L’impiego del marmo di Cottanello a Roma è documentato per la prima volta nel 1648 nella Fabbrica di San Pietro, il cantiere romano per eccellenza, alla cui edificazione avevano contribuito artisti come Bramante, Michelangelo e Bernini. Nel 1645, ad un anno dalla salita al soglio pontificio, Innocenzo X Pamphili avviò la decorazione dell’interno di San Pietro in previsione del Giubileo del 1650, affidando la direzione dei lavori a Gian Lorenzo Bernini, Architetto della Fabbrica dal 1629.
Per l’abbellimento delle navate e dei pilastri della chiesa furono impiegate enormi quantità di marmi che comportarono ingenti spese e notevoli difficoltà di approvvigionamento: per ovviare a tale inconveniente si fece largo uso sia di materiali di reimpiego che di scavo proveniente da località limitrofe, in particolare dalla piana romana, dai Colli Albani e dalla Sabina.
All'interno di S. Pietro il marmo di Cottanello fu impiegato dal Bernini per la costruzione delle stupende 44 colonne che fanno da cornice agli altari laterali della chiesa.
Ma molte altre chiese e palazzi della Roma barocca lo utilizzarono: furono ragioni di ordine prettamente estetico a determinarne la fortuna in un’epoca in cui l’impiego di differenti materiali lapidei rispondeva a un gusto tutto nuovo.
E' del 1675 lo Statuto Civile che regolava la vita pubblica e privata della comunita'.
Le maggiori tasse imposte dalla Chiesa unite ad una cattiva gestione amministrativa da parte dei vari Podesta' portarono via via ad un sempre maggiore impoverimento della popolazione che, verso la fine del 1700, moriva praticamente di fame.
Il paese rimase comunque sempre fedele al Papato tanto che quando arrivarono le truppe Napoleoniche fu protagonista, nelle vesti di Don Andrea Tiburzi, detto 'Sghenghella', della rivolta contro gli invasori. L'ex prete guido' un gruppo di armati Cottanellesi controi Francesi con il risultato che nel 1799 il paese venne saccheggiato e quindi incendiato come punizione per aver resistito alacremente in difesa del pontefice.
In questo periodo cesso' anche il dominio degli Orsini ed il paese passo' direttamente alla Camera Apostolica.
Il paese distrutto fu ricostruito lentamente e la popolazione visse in uno stato di totale abbandono, di miseria e di fame, all'ombra delle poche famiglie facoltose, proprietarie di terreni e di bestiame.
Nel 1822 arrivo' il primo medico.
Nel 1825 il sigillo araldico degli Orsini scomparve dallo stemma del paese.
Nel 1849 è proclamata da Repubblica Romana, il cui territorio comprende anche Rieti e Cottanello.
Nel 1860 Cottanello vota all'unanimita' per l'accettazione del Regno d'Italia: il primo sindaco e' Alessio Finiti.
Nel 1868 il sindaco Francesco Patrioti fa abbassare di 1,50 mt le mura castellane eliminando merli e passo delle guardie.
Nel 1888 fu inaugurata la strada provinciale Fonte Cerro che collega tuttora Cottanello con Rieti.
Infine nel 1969 fu scoperta la Villa romana dei Cotta.